1. 果胶酶被添加到牲畜饲料中，以帮助动物更好地消化食物。这改善了他们消化系统的健康，帮助他们更好地消化营养;

2. 食品和酿酒工业经常使用这些酶与淀粉酶结合，淀粉酶降解淀粉，以澄清溶液;

3.果胶酶也用于将水果变成果肉，然后提取去汁，因为它被发现可以提高产量;

4. 果胶酶在食品工业中的其他用途包括软化果皮，使其更容易剥皮，以及发酵咖啡和茶。

果胶酶通常用于植物材料的降解过程，如加速从水果中提取果汁，包括苹果和萨巴特。自20世纪60年代以来，果胶酶也被用于葡萄酒生产。果胶酶在啤酒酿造中的作用有两方面，首先果胶酶帮助分解植物(通常是水果)物质，从而帮助从醪液中提取风味。第二，成品酒中果胶的存在会引起薄雾或轻微的混浊。果胶酶被用来分解这种物质，这样就能把酒洗干净。果胶酶用于从purée中提取果汁。这是在果胶酶分解底物果胶和果汁被提取时完成的。果胶酶降低了果汁生产所需的活化能，并催化了反应。